魂斗罗3开始，难度大大增加，但是这完全不影响他成为当年射击游戏冠军。依靠这部作品依然能够称霸射击游戏。
在这个版本中《魂斗罗》的最终BOSS终于出现，那就是天王鬼真身，歼灭它的头部、打掉它的心脏、消灭它的肉身、再清除大脑，这才算是真正消灭了这个侵略地球的外星异物。
《魂斗罗4》2007年
《魂斗罗4》发行于NDS平台，这款游戏加入了不少新元素，并且将之前出现的很多BOSS重新高清化。的确做出了《魂斗罗》该有的水准。
游戏中的而最终BOSS“黑蛇”，就是玩家们在《魂斗罗3》干掉的天王鬼的一个细胞组织，被野心家用来研究，打算打造出生化武器。虽然最终这个实验室被玩家破坏了，但是这个细胞并没有死亡，最终慢慢成型并成功孵化出来。就成为《魂斗罗4》中的最终BOSS黑蛇，也就是那只形似螳螂的生物。
美版和日版的剧情稍微有所不同，黑蛇是天王鬼的妹妹
《Operation C》1991年
这是GB和GBC平台专门移植的游戏，虽然画质是黑白画面，但是这款游戏的剧情和正统续作的紧紧连在一起的。
因为这款游戏就是刚才《魂斗罗4》提到天王鬼细胞被拿来做研究，最终进化成黑蛇的那个版本
看到罐子里面那个细胞组织了吗？那就是未成形的黑蛇。
同时也是最终BOSS，打完就收工。黑蛇一直等到《魂斗罗4》再出来浪
《魂斗罗：铁血兵团》1994年
这是在MD发行的经典射击游戏，当年很多玩家以为这是魂斗罗4，为此还兴奋了很久，因为这款游戏绝对对得起《魂斗罗4》这个招牌。但遗憾的是，这款游戏仅仅是《魂斗罗》系列的外传作品，其中的移动方式、武器和攻击方式都和常规魂斗罗有一定的区别。
因为是外传，因此和主线的剧情有一定冲突，此时《魂斗罗4》还没有发行。
故事背景则是在天王鬼和黑蛇死后，Bahamut少校与Geo Mandrake博士将外星生物细胞盗走，进行研究打算自造生化武器。拥有天才智慧的博士最终成功用外星细胞和人类基因结合，制造出一个逆天的怪物。也就是最终BOSS
《魂斗罗：战争遗产》1996年
这是一款发行于PS平台的3D游戏。
在九十年代中期PS和SS两大平台之战可谓是热火朝天，而PS平台加入了《魂斗罗》的这款游戏，大大增加了胜算。这款游戏可以说是《魂斗罗》系列的首款3D作品，因此可以预见有很多不成熟的地方，不过这些都为以后的《真魂斗罗》和《新魂斗罗》提供了很好的经验。
这款游戏的剧情和《魂斗罗：铁血兵团》是接得上的，因此游戏的主角正是上一部游戏的队长。剧情又是人类和外星人合作，一起玩转地球，最后被主角们破坏的故事。
最终BOSS竟然是一个有生命特征的行星。
《魂斗罗:冒险》1998年
游戏是科乐美1998年在PS平台发行的一款3D游戏。
这款游戏或许是科乐美系列口碑最为普通的游戏，没有之一。
最终BOSS就是在铁血兵团中出现过的异种皇后，在这里被3D化了
《魂斗罗 Advance - 异型战争 EX》
这款游戏就是《魂斗罗3》在GBA的移植版
《真-魂斗罗》2002年
这款游戏算是为3D魂斗罗扳回一局，口碑迎来了春天。
游戏的剧情也有颠覆性的反转，原来人类的最终敌人并不是外星人，而是三个在地球存活不知道多少年的三个远古人。在某种程度上来说，外星人才是真正的受害者。因为人类把他们的“莫伊莱文物”盗走了，他们不得不为了生存而战，夺回“莫伊莱文物”。
“莫伊莱文物”拥有无可匹敌的能源，最终被那三个地球远古人，也就是三个老头给吸收了，成为本作游戏的最终大BOSS。
“莫伊莱文物”记载着整个外星人的文明
远古人
最终BOSS有五个形态，这是最终形态
《新魂斗罗》2004年
一款口碑非常不错的3D魂斗罗。
本作是在PS2末期发行的一款游戏，因此各方面都相对比较完善，算是将PS2主机性能发挥到最佳。游戏的故事线已经发展到了4444年，也就是距离上一次战争已经一千多年了，主角仍然是比尔，不过已经是克隆人。
武器的攻击方式发生了一些变化，玩家可以武器组合，出现各种组合效果。
这款游戏的背景故事已经和魂斗罗正统脱离太多了，或者说已经没有什么关系了
视角和以往不同，采用俯视角度，大大降低了玩家眩晕的可能。
《魂斗罗-重生》2009年
科乐美公司在Wii平台打造的高清魂斗罗。
游戏的质量非常不错，在GameRankings评级为76.67％，而Metacritic则将游戏评为76/100。它也被评为年度最被低估的动作游戏之一，并被Nintendo Power提名为年度最佳游戏 ，以及最佳动作游戏，以及WiiWare年度最佳游戏和最佳动作游戏。
这款游戏的影响力可想而知。
当然了，游戏中同样会出现玩家熟悉的怪物和背景震撼的BOSS。
《魂斗罗:铁血兵团·反叛》2011
这款游戏算是科乐美在Xbox360平台具有革命性的经典大作。
不过这款游戏对于拥有《魂斗罗》情怀的玩家都属于比较早期的玩家，已经很难再深入玩下去了。而喜欢二次元的小伙伴或许更有兴趣
超燃的音乐和火爆的战斗场面，将《魂斗罗》系列再次提升了一个次元。
游戏中曾经熟悉的旋律通过重金属音乐风格打造出来，让人瞬间热血沸腾
《魂斗罗:铁血兵团·反叛》最大的反派人物：Tiberius
而Tiberius的养女则是游戏中穿和服的可选人物：小百合
很多玩家在说，为什么魂斗罗这么多年没有更新，其实《魂斗罗》系列多年一直都有作品问世，且随时都保持热度。但是，一般都是在主机平台发行，因此我们屌丝玩家并没有机会接触到。如今，大部分的魂斗罗都可以在电脑上模拟操作了，但是我们似乎已经没有太多的动力去尝试这些传说中的游戏了。
另外，科乐美公司授权中国一些游戏公司开发的的手机游戏：《魂斗罗-星际战争》2009年、《魂斗罗-进化革命》2010、《魂斗罗-归来》2017。
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